湿地是由陆地和水体相互作用形成，湿地所保持和周转水分的数量也介于陆地与水体之间，它对水分储量和运动方式的改变特别敏感，自然和人类活动所造成的水分数量和质量的任何变化，都会反映在湿地生态系统的结构和功能上，对径流的调节作用和维持生产力的作用就会退化，进而对区域环境产生不利影响。
    水是九寨沟风景的灵魂，被受全世界人民的青睐。同时，水文、水质又是影响九寨沟湿地生态系统的关键因子，为了保证九寨沟湿地系统的完整性，减少自然灾害和旅游开发人类活动的负面影响。22年来九寨沟管理局一直遵循“严格保护，统一规划，合理开发，永续利用”16字工作方针，在环境保护上推出了以系列的环保措施和工程，取得了显著成效。
    1、修建泥石流治理工程。泥石流是九寨沟湿地保护最大的自然威胁之一，保护区内一旦有大量泥石流暴发，使大量外源性营养物质、有机物、泥沙、土壤等进入湿地，超过湿地的自净能力，破坏湿地的生态系统，甚至使湿地面积萎缩。所以，在九寨沟旅游开发的同时，管理局投入了大量的人力、物力、财力，与中国科学院成都分院山地灾害研究所合作，对保护区内山地灾害严重的14条泥石流沟修建了泥石流工程。如拦沙坝、格栅坝、栅栏坝、缝隙坝和虑水坝50座，徘导槽500米，停淤工程172米，公路便桥2座。同时严禁破坏自然环境的施工建设，严禁挖沙取土，从而保护了景区环境，防止了泥石流的严重危害。
    2、景区公路边坡绿化工程。九寨沟生态环境脆弱，公路边坡坡度大，土层薄，在雨季高强度的降雨很容易引起滑坡，导致水土流失，大量营养物质进入湖泊、湿地，破坏湿地生态系统，为了减少因滑坡导致的水土流失，每年管理局投入大量资金，对公路边坡进行夯土，绿化，绿化面积约为37万平方米。
    3、2001年至2004年，完成景区生态栈道60公里，实现了人车分流，生态栈道悬空40厘米，尽量不破坏植被，使景区大树与栈道共存，为小型动物特别是两栖动物提供了饮水、繁殖、生活通道，达到人与动物和谐共处。
    4、2004年，完成沟口至原始森林，长海35KV农网改造工程，铺设线路总长73公里，改造了荷叶寨35KV变电所及配套工程，保障了景区和居民的安全用电，以电代材。
    5、为加强保护和永续利用，实施景区经营外迁政策，实行“沟内游，沟外住”，安排了300多名沟内居民从事保护、环卫和相关服务工作，有效地解决了“保景”与“富民”问题。
    6、开通景区绿色观光车，为了减少游览车辆对九寨沟湿地生态系统的影响，1999年3月26日景区开通了绿色环保观光车，保证了九寨沟的空气质量。
    7、加强生活污水排放管理，整合景区餐厅，实行统一管理，拆除原有荷叶餐厅、树正餐厅、则查洼餐厅和诺日朗餐厅4个用餐服务区，并在原诺日朗餐厅修建了诺日朗旅游服务中心，该中心集餐饮、购物、消防、公安、医疗、咨询、投诉等为一体，于2002年投入使用。2005年，在景区诺日朗、则查洼、树正、荷叶寨修建四处污水收集池，日处理污水2000立方米，处理后灌装车运出景区外在处理，避免了湿地生态系统水文的人为活动影响，保证了湿地生态系统的自然过程。
    8、绿色免冲厕所投入使用，目前景区内供有绿色环保免冲厕所35座，车载式环保厕所8辆，在景区外兴建粪便污水处理场，统一对区域内粪便污水处理。给前来享受美丽景色的客人留下了良好的印象和较高的评价。
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